随着朱由检的到来，南京总算是有了一个主心骨，虽然这个主心骨劣迹斑斑，现在看起来更加不是一个能主持大局的人，但只要皇帝坐在这南京皇宫里，便是最大的主心骨了。
北都沦陷，这对于大明朝来说是一场重创，但换个角度来说，大明朝虽然被打的头破血流，却筋骨未伤，北京的统治机器被瓦解，南京的这套备用系统却完好无损，并且能够立即启动、投入运行，而它只是少了一个国君而已。
朱由检赋予各个衙门权力，原本大多数给北京打发来的官员养老的南京各衙门获得了实权后，六部官员立即开始着手开始整理六部事务，其他各衙门也立即快速运转了起来
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